Les percussions sont très importantes dans la musique andine, elles sont très variées. On peut citer notamment :

• Le bombo : tambour constitué d'un fût de bois et de 2 peaux de chèvre aux extrémités, produisant des sons graves et sourds.
• La wankara : tambour plat caractérisé par une rangée d'épines de cactus qui vibrent sur la peau, produisant un son très typique.
• Les chaj'chas : grelots composés de sabots de chèvre.
• Le reco-reco : racle similaire au güiro, utilisé dans les rythmes afro-andins (saya, caporal...).
• Bongoes : ensemble de deux petits fûts de diamètres différents, à une peau chacun,  qui sont joués avec les mains. On retrouve cet instrument dans toute l'Amérique Latine.